管理凝胶图像
我们从硬盘上的原始数据开始。此实验例子中包含一个对照样本，和两个实验样本，分别是应用化学试剂处理后1分钟和10分钟的取样，每次取2个平行样本。
| 图像文件 | 样本 |
| control_01.gel | 对照（平行1） |
| control_02.gel | 对照（平行2） |
| 1min_01.gel | 处理1分钟取样（平行1） |
| 1min_02.gel | 处理1分钟取样（平行2） |
| 10min_01.gel | 处理10分钟取样（平行1） |
| 10min_02.gel | 处理10分钟取样（平行2） |
如果您还没有完成此步， 请下载我们在本指南中将使用的样本数据包:
http://www.decodon.com/Support/Documentation/Delta2D-samples.zip
并解开压缩。包中含有6张双向凝胶电泳图像和其变形匹配图文件。
Delta2D起步
在Windows系统中顺序点击开始-程序-DECODON-Delta2D来启动软件， 在其它系统中根据对应安装方法决定。随后Delta2D项目管理器出现并请求打开一个已存在的项目。
项目是凝胶图像文件和分析数据，如色斑的边界定量等的集合。现在，可以看到软件中有一个随安装而来的演示项目。
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当Delta2D启动后，
对话框会提供一个当前工作池中可选项目的列表，以及选项开关来更改工作池。
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建立一个新的数据池
Delta2D保存所有和当前凝胶电泳图像相关的数据，包含图像本身，到硬盘中一个文件夹中。 我们称这个文件夹为一个“池”。它包含多个由Delta2D管理的子文件夹和数据文件。为了能保持所有的实验数据被很好的管理，我们建议为每一个新的实验内容建立一个新池。
- 点击'Change Pool'(改变池) 按钮，并浏览转到您要保存新池的文件夹。
- 右击鼠标按钮选择'Create Folder'(创建文件夹), 随后点此新建的文件夹并选择它后，按F2键可以给此新池命名，完成后用ENTER键结束输入。
- 点OK后选Yes确认随后的对话框。
为不同的实验选择不同的池路径，从而将他们彼此以及和演示数据分开。进而方便复制，移动，备份不同的池。请尽量避免使用网络驱动器。
创建一个新的项目
'项目'对话框随后再次出现展示一个空的可选项目列表，标题栏为您现在正在工作的池路径。 点击New(新建)按钮创建一个新项目，打开一个对话框输入详细项目资料。可在此提供项目名字和作者并插入一个简断的描述。请不要选择'Use Internal Standard' (使用内标)的选择框。点OK建立一个新项目，然后在项目对话框中选择此新项目并按下Open。无论何时打开一个新建项目，都会自动建立两个新的空组。
Für DIGE-Projekte aktivieren Sie bitte die Checkbox 'Use Internal Standard'.
创建凝胶图像组
推荐使用组来管理凝胶电泳图像。通常，您的项目会为每一个平行实验准备一个组。
我们现在将为我们的实验创建三个组。而已经建好两个了，我们将简单的更改他们的名称。
- 右击第一个组并在内容菜单中选择'Group Properties'（组特性）。
- 使用 'control' (对照) 来替换组的名称，如果您愿意，可为组选择另外的颜色，然后选择OK来确认。
- 重复此步骤，建立第二个组，起名为 '1min'（1分钟）。
在组菜单中选择'New'（新建）来创建一个新组，起名为'10min'（10分钟），可以根据喜好选择一个不同的颜色。您可以在任何时候添加或删除组。
添加凝胶电泳图像到新建项目中
点击组'control'(对照)将图像添加到当前组中。凝胶管理器打开并显示当前池中所有的凝胶。由于这个池为新建为空，我们必须为其导入凝胶图像。点击按钮'Import'(导入), 并切换到刚才解压来自网站的样本数据包的目录。其子目录中含有名为'samples'的样本凝胶图像。用鼠标左键组合Ctrl键选择两个图像'control_01'和'control_02'，点击'Next'(下一步)。在这一步中，您可以编辑图像的名字和描述，以及做一些简单的控制操作，如旋转，反映，翻转图像等。再次点击'Next'(下一步)，为下一个图像重复此步操作。
其间任何时候如果您想要直接导入图像而不加任何修改，您可以点击'Finish'(结束)。 导入样本图像'1min_01', '1min_02', '10min_01'和'10min_02'到他们各自的组中。现在每一组平行图像已经放置到了不同的组中，项目展示如下：
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项目管理器: 三个组中含有六个样本图像(’control', '1min', '10min').
每一个单元格代表不同的图像对。
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创建一个DIGE分析项目
分析DIGE和其他复杂试验，首先请按照如上的步骤概要，比如根据样本分组管理凝胶图像。
一个拥有两张凝胶和两个样本（A和B）的简单DIGE实验如下所示。平行实验被分在同一个组中。内标的图像则被分在'standard'（标准）组中。
| 图像文件 | 染料 | 凝胶 | 样本 | 组 |
| g001_cy2.tif | Cy 2 | Gel I | Interner Standard, Gel I | Standard |
| g001_cy3.tif | Cy 3 | Gel I | Probe A (Replikat 1) | Probe A |
| g001_cy5.tif | Cy 5 | Gel I | Probe B (Replikat 1) | Probe B |
| g002_cy2.tif | Cy 2 | Gel II | Interner Standard, Gel II | Standard |
| g002_cy3.tif | Cy 3 | Gel II | Probe B (Replikat 2) | Probe B |
| g002_cy5.tif | Cy 5 | Gel II | Probe A (Replikat 2) | Probe A |
| 注：Internal standard (内标)；replicate: 平行;Sample 样本 |
Delta2D可以应用内部标准来定量。也就是说，一个色斑的定量除以同一个凝胶上对应色斑在内标中的定量。因此让Delta2D明确哪些图像属于同种凝胶，而采用哪张内标图像是至关重要的。
- 使用内标图像配置当前项目
在项目管理器中，选择File -> Project properties (文件->项目属性)，然后标记选择'Use Internal Standard'的复选框。
- 2. 指定凝胶到凝胶图像
现在我们必须告知Delta2D每个图像来自那张凝胶，以及其对应的内标图像的存放位置。在项目管理器中，选择File -> Gel Image Attributes (文件->获得凝胶图像特性). 选择'Gel'标签，您可以看到一个凝胶的列表(罗马数字风格)，以及每张凝胶而来的图像。您可以右键点击图像并指派给一个特定的凝胶。
另外，您也可以拖拽图像到另一张凝胶上。按照实验的设计来组织安排图像。
- 关联确认内标图像
对于每一张凝胶，您可以看到一列单选按钮。通过选择图像旁边的按钮来选定包含内标的图像(通常为Cy2图像)。
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