5.10 MB

| English | | Español |

Organisation der Gelbilder

Bitte beginnen Sie die Auswertung mit den Rohdaten von unserer Website. Das Beispielexperiment umfasst einer Kontrollprobe und zwei behandelte Proben (1 und 10 Minuten nach Behandlung) mit jeweils zwei Replikaten:

Wenn Sie die Beispieldaten noch nicht von unserer Website heruntergeladen haben, dann tun Sie dies bitte jetzt: www.decodon.com/Support/Documentation/Delta2D-samples.zip. Extrahieren Sie bitte die sechs Gelbilder, die Proteomkarte und die dazugehörigen Match Maps aus dem ZIP Archiv.

Starten von Delta2D

Unter Windows starten Sie Delta2D über 'Start' -> 'Programme' -> 'DECODON' -> 'Delta2D', bei anderen Betriebssystemen gemäß des verwendeten Installationspfades. Zunächst erscheint der Delta2D Project Manager und Sie werden aufgefordert, ein Projekt zu öffnen.

Projekte bestehen aus Gelbildern und Analysedaten (Spotgrenzen, Quantitäten etc.). Das Demoprojekt, welches bei der Installation von Delta2D mitgeliefert wird, ist bereits vorhanden.

Nach dem Start von Delta2D zeigt dieser Dialog eine Liste der verfügbaren Projekte des gerade geöffneten Pools sowie die Option, den Pool zu wechseln.

Einen neuen Pool erstellen

Delta2D speichert alle zu Ihren Gelbildern gehörenden Daten - auch die Bilder selbst - in einem speziell strukturierten Ordner auf Ihrem Computer. Wir nennen diesen Ordner 'Pool'. Er beinhaltet Unterordner und Dateien, die von Delta2D verwaltet werden. In einem Pool können mehrere Projekte abgelegt werden. Wir empfehlen, Gruppen wissenschaftlich zusammenhängender Daten, die natürlich aus mehreren (Teil-)Projekten bestehen können, in separaten Pools abzulegen:

1. Klicken Sie auf den Button 'Change Pool ' und suchen Sie sich einen Ordner aus, in dem der neue Pool angelegt werden soll.
2. Klicken Sie mit der rechten Maustaste in diesen Ordner und wählen Sie 'Neu' -> 'Ordner'. Geben Sie dem neuen Ordner - dem neuen Pool - den gewünschten Namen und beenden Sie die Eingabe mit ENTER.
3. Klicken Sie nun auf OK und bestätigen Sie den folgenden Dialog mit 'Ja'.

Wählen Sie verschiedene Poolpfade für Ihre verschiedenen Experimente, um diese klar voneinander und vom Beispielpool zu trennen. Dadurch können Sie jeden Pool einfacher kopieren, bewegen oder Backups anlegen. Meiden Sie bitte Netzlaufwerke.

Ein neues Projekt erstellen

Im 'Projects' Dialog sehen Sie eine Liste der verfügbaren Projekte des neuen Pools. Diese ist natürlich noch leer. Die Titelleiste des Dialoges zeigt den Pfad zum aktuellen Pool. Klicken Sie auf den 'New' Button, um ein neues Projekt zu erstellen. Im folgenden Dialog können Sie Details zum Projekt eintragen. Geben Sie hier den Namen und den Autor sowie eine kurze Bechreibung des Projektes an. Lassen Sie bitte die Checkbox 'Use Internal Standard' deaktiviert. Mit OK wird das neue Projekt erstellt. Wählen Sie Ihr neues Projekt aus der Liste aus und klicken Sie auf Open. Immer, wenn ein neues Projekt geöffnet wird, werden automatisch zwei leere Gruppen erstellt.

Für DIGE-Projekte aktivieren Sie bitte die Checkbox 'Use Internal Standard'.

Gruppen für die Gelbilder anlegen

Wir empfehlen, die Gelbilder in Gruppen zu organisieren. Normalerweise werden Sie in Ihrem Projekt für jedes Set von Replikaten eine Gruppe anlegen. Für unser Experiment benötigen wir genau drei Gruppen. Da bereits zwei Gruppen vorhanden sind, ändern wir einfach nur deren Namen:

1. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die erste Gruppe und wählen Sie 'Group Properties' aus dem Kontextmenü.
2. Ersetzen Sie den Gruppennamen durch 'control'. Sie könnnen auch gerne eine andere Farbe für die Gruppe auswählen. Bestätigen Sie mit OK.
3. Wiederholen Sie 1. und 2. für die zweite Gruppe (neuer Name: '1min').

Legen Sie nun eine neue Gruppe an (wählen Sie dazu 'New' aus dem 'Group' Menü) und nennen Sie diese '10min'. Gruppen können jederzeit vertauscht, hinzugefügt oder gelöscht werden.

Gelbilder zu Ihrem Projekt hinzufügen

Klicken Sie auf die Gruppe 'control', um Bilder hinzuzufügen. Der 'Gel Manager' listet jetzt alle Bilder des aktuellen Pools auf. Der neue Pool ist natürlich noch leer. Bitte importieren Sie die ersten Gelbilder: Klicken Sie dazu auf den Button 'Import' und wechseln Sie zu dem Ordner, in dem Sie die Beispieldaten gespeichert haben. Wählen Sie bitte im Unterordner 'samples' die Bilder 'control_01' und 'control_02' aus, indem Sie beide bei gedrückter 'STRG' Taste der Tastatur nacheinander mit der linken Maustaste anklicken. Dann klicken Sie auf 'Next'. Nun können Sie den Namen des ersten importierten Bildes editieren, weitere Informationen eingeben, das Bild drehen, spiegeln oder invertieren. Klicken Sie nochmals auf 'Next', um diese Schritte für das zweite Bild zu wiederholen.

Sie können jederzeit auf 'Finish' klicken, um alle Bilder ohne weitere Änderungen zu importieren. Importieren Sie auf diese Weise auch '1min_01', '1min_02', '10min_01' und '10min_02' in ihre jeweiligen Gruppen. Nun sollten alle Bilder in separaten Gruppen vorliegen und der Projekt Manager sollte wie folgt aussehen:

Der Project Manager mit den sechs Beispielbildern in den drei Replikat-Gruppen ('control', '1min', and '10min'). Jede Zelle repräsentiert das jeweilige Bildpaar.

Ein DIGE Projekt anlegen

Für DIGE und andere Multiplex-Experimente folgen Sie bitte den bereits genannten Anweisungen. Organisieren Sie also auch hier Ihre Bilder in Replikatgruppen.
In der folgenden Tabelle ist der Aufbau eines exemplarischen DIGE Experimentes mit zwei Proben A und B auf zwei Gelen zu sehen. Replikate werden in der gleichen Gruppe und die Bilder mit dem Internen Standard in der Gruppe 'Standard' zusammengefasst.

In DIGE-Experienten nutzt Delta2D den Internen Standard für die Normalisierung. Dazu wird die Quantität jedes Spots durch die Quantität des korrespondierenden Spots auf dem Internen Standard-Bild des gleichen Gels geteilt. Dazu müssen Sie Delta2D mitteilen, welche Bilder dasselbe Ursprungsgel haben und welche Bilder den Internen Standard repräsentieren.

1. Geben Sie bitte an, dass Sie in Ihrem Projekt einen Internen Standard verwenden
   Öffnen Sie im Project Manager 'File' -> 'Project properties' und aktivieren Sie hier die 'Use Internal Standard' Checkbox .
2. Ordnen Sie die Gelbilder ihren Ursprungsgelen zu
   Dazu öffnen Sie im Project Manager 'File' -> 'Gel Image Attributes' und wechseln auf das 'Gel' Tab. Sie sehen hier eine Liste von Gelen (bezeichnet mit römischen Zahlen) sowie die Bilder, die zu den Gelen gehören. Sie können die Beispielgele umbenennen oder Ihre Gele in die Liste einfügen. Mit Drag & Drop ordnen Sie die Gel-Bilder den Ursprungsgelgelen zu, bis keine unklassifizierten Gelbilder mehr übrig sind.
3. Teilen Sie Delta2D mit, welche Bilder den Internen Standard zeigen
   Für jedes Gel sehen Sie im 'Gel' Tab des 'Gel Image Attributes' Dialoges eine Spalte mit Radio Buttons. Aktivieren Sie diesen für jedes Bild, das den Internen Standard enthält (bei Verwendung von Cy-Farbstoffen ist es normalerweise das Cy2 Bild).