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Organización de las Imágenes de Gel

Por favor, comienze con el análizis de los datos en bruto de nuestra página web, el expe-rimento-ejemplo cuenta con una muestra de control y dos muestras tratadas (1 y 10 mi-nutos después del tratamiento) cada una con dos réplicas:

Si Ud. aún no ha descargado los datos Ejemplo de nuestra página Web, entonces hágalo por favor ahora: www.decodon.com/Support/Documentation/Delta2D-samples.zip. Extraiga por favor las 6 imágenes de gel, el mapa de proteomas y sus respectivos Match Maps de la carpeta de archivos ZIP.

Iniciar Delta2D

Bajo Windows, inicie Delta2D a travéz del menú ‘Comenzar’ -> ‘Programas’ -> ‘DECODON’ -> ‘Delta2D’, con otros sistemas de operación seguir las lineas de instalación utilizadas, luego aparecerá el Organizador Delta2D, allí se le pedirá a que abra un projecto.
Los proyectos consisten de imágenes de gel y análisis de datos (fronteras del spot, canti-dades, etc.) El proyecto demostrativo, el cual ha sido enviado con la instalación de Delta2D, ya está disponible.

Después del inicio de Delta2D ésta ventana de diálogo muestra una lista de los proyectos disponibles de los Pools recien abiertos, así como la opción para cambiar de pool.

Crear un nuevo Pool

Delta2D guarda en un archivo todos los datos que pertenecen a las imágenes de gel, y también las imágenes mismas, de una manera especial y estructurada en su computador, a éste archivo lo llamamos 'Pool' éste contiene subarchivos y datos que serán administrados por Delta2D. En un Pool pueden ser guardados varios proyectos, recomendamos qué grupos de datos cientificamente dependientes que naturalmente podrían, en parte consistir, de varios proyectos, guardarlos o colocarlos en Pools separados:

1. Presione el Botón ‘Change Pool’ y escoja el archivo en donde el nuevo Pool deberá ser guardado.
2. Presione la tecla derecha del ratón sobre éste archivo, y escoja la opción ‘New’ -> ‘Folder’, y dele al nuevo archivo, ahora el nombre que Ud. crea conveniente, fina-lice la operación con la tecla ENTER.
3. 3. Presione ahora la tecla OK y confirme la ventana de diálogo que sigue con Yes.

Escoja diferentes pasos de pool para sus diferentes experimentos, y poder separarlos clara-mente de los Pools que sirven de ejemplo. Así Ud. podrá copiar, mover o crear Backups de los Pools mucho más facilmente. Evite conexiones de red.

Crear un nuevo Proyecto

En el diálogo ‘Projects’ Ud. puede ver una lista de proyectos de nuevos pools disponibles. Estos naturalmente están aún vacios, la lista de títulos de la ventana de diálogo muestra el camino hacia el Pool actual.
Presione la opción New, y así crear un nuevo proyecto, en el siguiente diálogo Ud. pue-de dar o escribir algunos detalles sobre el nuevo proyecto. Dar aquí el nombre, y autor, así como una corta descripción del proyecto.
Por favor, deje en caja de opciones (Checkbox) la opción ‘Use Internal Standard’ (uso estándar interno) inactiva. Con OK será creado el nuevo proyecto. Escoja ahora de la lista de proyectos sú recién creado proyecto y presione la función Open. Cada vez que un nuevo proyecto es abierto se crearán automáticanente dos grupos vacios.

En caso que Ud. quiera analizar DIGE geles, por favor, deje en caja de opciones (Checkbox) la opción ‘Use Internal Standard’ (uso estándar interno) activa.

Colocar Grupos de Imágenes de Gel

Recomendamos organizar las imágenes de gel en grupos, normalmente Ud. colocará en sus proyectos, un grupo para cada set de réplicas.
Para nuestro experimento necesitamos exactamente tres grupos, pero ya que contamos con dos grupos, cambiamos sencillamente sus nombres:

1. 1. Presione la tecla derecha de su ratón sobre el primer grupo y escoja del menú de contexto la opción ‘Group Properties’.
2. 2. Cambie el nombre del grupo a travéz de la función 'Control', Ud. podrá si así lo desea escojer un nuevo color para el grupo, confirme con OK.
3. 3. Repita pasos 1 y 2 para el segundo grupo (nuevo nombre: '1min').

Coloque ahora un nuevo grupo, (para eso escoja del menú ‘Group’, la opción ‘New’ y nombre éste ‘10min’. Grupos podrán en todo momento ser cambiados, colocados ó borrados.

Introducir Imágenes de Gel a sus Proyectos

Presione sobre los grupos la función ‘Control’ para introducir imágenes, El ‘gel manager’ hace una lista de todas las imágenes en el actual Pool. El nuevo Pool, por supuesto está aún vacio.
Por favor importe las primeras imágenes de gel: para eso presione el botón ‘Import’ y cambie al archivo en donde Ud. guardó los datos que sirven de ejemplo, escoja ahora en el subarchivo ‘samples’, las imágenes ‘control_01’ y ‘control_02’, manteniendo presiona-das las teclas ‘control’ (Ctrl) de su teclado y la tecla izquierda de su ratón, marque ambas imágenes seguidamente, presione el botón ‘Next’.
Ahora Ud. podrá editar el nombre de las primeras imágenes importadas, dar otras informaciones, rotar la imagen, crear un es-pejo de la misma, ó invertirla. Presione otra vez el botón ‘Next’ y repetir el procedimiento para la próxima imagen.

Ud. puede en todo momento presionar el botón ‘Finish’ e importar todas las imágenes sin ningún tipo de cambios. Importe Ud. también de ésta manera '1min_01', '1min_02', '10min_01' y '10min_02' en sus respectivos grupos. Ahora todas las imágenes deberían estar separados en grupos, y el Proyecto Manager (‘Project Manager‘) debe verse como sigue:

Project Manager, con las 6 imágenes Ejemplo, con sus 3 grupos de réplicas (‘control’, ‘1min’, y ‘10min’). Cada celda representa su respectiva imagen par.

Crear un Proyecto DIGE

Para DIGE y otros experimentos multiples, siga las indicaciones ya mencionadas. Organice Ud. entonces también aquí, sus imágenes en grupo de réplicas.
En la siguiente tabla mostramos un ejemplo de construcción de experimentos DIGE, donde se pueden ver dos muestras de Gel, pruebas A y B. Las réplicas estarán en el mismo grupo, y las imágenes con el estándar interno se colocarán juntas en el grupo ‘standard’ (Columna derecha).

En experimentos DIGE Delta2D utilizará el estándar interno para la normalización. Para ésto se dividirá la cantidad de cada spot entre la cantidad de los respectivos spots de la imagen estándar interna dél mismo gel. Para ésto tiene Ud. que decir a Delta2D, cuales imágenes de gel tienen el mismo orígen, y cuales imágenes representan el estándar interno.

1. Por favor, dele DIGE especificaciones, a todos sus proyectos que utilizen el estándar interno.
   Abra en Project Manager la opción 'File' -> 'Project properties' y active aquí la función 'Use Internal Standard' Checkbox.
2. Ordene las imágenes de gel con sus geles oríginarios.
   Para eso abra Ud. en Project Manager 'File' -> 'Gel Image Attributes' y cambie a 'Gel' Tab. Aquí Ud. verá una lista de geles (identificados con números romanos) así como sus respectivas imá-genes, con Drag & Drop ordene las imágenes de gel con sus geles de orígen, hasta que no quede nínguna imágen sin clasificar.
3. Dígale a Delta2D, cuales imágenes muestran el estándar interno.
   Para cada Gel Ud. verá en ‘Gel’ tab del diálogo ‘Gel Image Attributes’ una columna con ‘Radio Buttons’. Active éstos para cada imagen que contenga el estándar interno (normalmente es ésta la imagen Cy2).