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Create Direct Warpings

Nutzen Sie diese Technologie, um ein Warping automatisch zu produzieren: Für jedes direkte Warping sehen Sie zunächst ein gelbes Icon im Project Manager. Das Warping in Delta2D basiert auf sog. Match-Vektoren, die mit Hilfe der SmartVectors^TM HQ Technologie schnell und zuverlässig gefunden werden. Sie können das Warping (hier: das Finden von Match-Vektoren) auch gerne im Hintergrund von Delta2D bearbeiten lassen:
Klicken Sie im dritten Schritt des Workflow ('Create Direct Warpings') auf den Link 'Job Manager' und klicken Sie im 'Job Manager' auf den Start Button, damit die Warpings im Hintergrund abgearbeitet werden.

Um ein gewarptes Gelbildpaar (vom Job Manager bereits fertig bearbeitet) zu öffnen, können Sie die Tabelle unter 'Review Direct Warpings' im dritten Workflow-Schritt verwenden: Klicken Sie doppelt auf eine Zeile, in der sich das gelbe Icon von einem Zahnrad zu einem Doppelpfeil verändert hat. Eine 'Dual View' für das entsprechende Gelbildpaar öffnet sich. Hier können Sie nach dem Warping Unterschiede zwischen Spotmustern leicht erkennen: Schwarze oder graue Spots haben auf beiden Bildern nahezu die gleiche Intensität. Orange Spots sind stärker auf dem zweiten Bild, blaue Spots sind dort schwächer. Je mehr die Farbe der Spots zu einem der Extreme tendiert, desto größer ist der Unterschied in der Expression.

Dual Channel Bild zweier ungewarpter Gelbilder

Natürlich können Sie jederzeit verschiedene Regionen oder die Dual Channel Bilder komplett ansehen, hinein- oder herauszoomen oder nur die Einzelbilder anschauen. Zudem kann die Darstellung der Bilder über 'Histograms...' () aus dem Menü 'Images' verändert werden. Schieberegler verwenden Sie zur Anpassung der Einstellungen. Mit dem 'Equalize Button' () lassen sich die Bilder ausbalancieren. Änderungen wirken sich lediglich auf die Darstellung, nicht aber auf die Quantifizierung aus, da diese stets nur auf den Originalbildern erfolgt. Bitte kontrollieren Sie auch, ob der Bildhintergrund durch den Background Button ()versteckt wurde. Diese Einstellung hilft, unterschiedliche Spotpositionen besser zu erkennen. Bestätigen Sie mit OK.

Histogram Settings Dialog

Klicken Sie nun auf den Warp Button () und Delta2D wird die Bilder entsprechend der Match Map aufeinander anpassen. In der daraus resultierenden gewarpten Ansicht können Sie die Unterschiede im Expressionsniveau gleicher Spots - wenn die Laufunterschiede vollständig ausgeglichen wurden - schnell erfassen. Unvollständig gewarpte Regionen zeigen nebeneinander oder teilweise überlagerte gleiche Spotmuster in orange und blau. Delta2D erzeugt i.d.R. nur dann Match-Vektoren, wenn die entsprechenden Gel-Regionen dies in ausreichender Qualität zulassen. Sie können die Bilder jederzeit wieder in den Urzustand versetzen, sie also 'entwarpen' (Unwarp Button ), um die Vektoren anhand der Originalbilder zu beurteilen und u. U. zu korrigieren.

Delta2D unterscheidet zwischen manuell gesetzten (durchgezeichnete Linie) und automatisch gefundenen (gestrichelte Linie) Vektoren. Durch Bestätigung eines automatisch gefundenen Match-Vektors (Rechtsklick auf den Vektor und 'Approve') wird er wie ein manuell gesetzter behandelt.

Wenn das Warping in einigen Regionen noch nicht zufriedenstellend ist, löschen Sie dort einfach alle Vektoren (Anleitung zum Löschen siehe weiter unten) und nutzen Sie den 'Find Match Vectors' Button in der Dual View, damit Delta2D's SmartVectors^TM HQ Technologie Vektoren für das aktuelle Gelpaar findet.

Sie können den 'Find Match Vectors' Button so oft wie nötig verwenden. Delta2D's SmartVectors^TM Technologie wird für jede neue Iteration schon bestehende Vektoren als Basis für die Detektion weiterer Vektoren nutzen und steigert somit die Verlässlichkeit des Ergebnisses.

Selbstverständlich können Sie das Warping - wenn nötig - auch manuell durch das Löschen, Hinzufügen oder Verändern von Match-Vektoren verbessern. Wie dies getan werden kann, wird im folgenden Abschnitt näher erläutert.

Sobald es für ein Bildpaar mindestens einen bestätigten Vektor (manuell gesetzt oder automatisch gefunden und manuell bestätigt) gibt, ändert das Icon im Project Manager die Farbe von gelb nach grün. So wissen Sie, dass Sie bereits an diesem Paar gearbeitet haben. Sie sollten generell nach der Fertigstellung eines Warpings alle Vektoren bestätigen (im Menü: 'Matches' -> 'Select Non-Approved', und dann 'Matches' -> 'Approve Selected').

Manuelles Erstellen, Löschen und Ändern von Match Vektoren

Um mit den Match Vektoren zu arbeiten, selektieren Sie bitte das Match Vector Tool: Klicken Sie auf den obersten Button im linken senkrechten Tool Panel der Dual View.

Manchmal ist es notwendig, automatisch gefundene Match Vektoren zu korrigieren. Wir empfehlen, dabei mit größeren Bildregionen zu arbeiten (nicht mit einzelnen Spots). Falls einer oder mehrere Match-Vektoren korrigiert werden müssen, löschen Sie einfach alle Vektoren dieser Region (Rechtsklick und 'Delete') und klicken Sie nochmals auf 'Find Match Vectors', um mit SmartVectors^TM bessere zu finden. Benachbarte Vektoren verbessern das Ergebnis der neuen Iteration.

Dual View nach dem Warping

Mit Match-Vektoren sind die folgenden Operationen möglich:

• Selektieren eines einzelnen Match-Vektors
  Klicken Sie mit der linken Maustaste auf den jeweiligen Vektor - selektierte Vektoren werden hervorgehoben.
• Selektieren mehrerer Match-Vektoren in einer Region
  Ziehen Sie mit der gedrückten linken Maustaste ein Rechteck um die zu selektierenden Vektoren.
• Löschen von Match-Vektoren
  Klicken Sie einen Vektor mit der rechten Maustaste an und wählen Sie 'Delete' bzw. 'Delete Selected' um den oder die selektierten Vektoren zu löschen.
• Neue Match-Vektoren setzen
  Klicken Sie zunächst auf den Spot im orangen Bild und dann auf den dazugehörigen im blauen Bild. Die Spots sind nun durch einen Vektor verbunden, dessen Enden nach einem Klick auf den Warp Button übereinandergezogen werden.
• Ändern von Match-Vektoren
  Ziehen Sie an nur einem Ende des Vektors, um dessen Position zu verändern (z. B. einem anderen Spot zuweisen, Position auf dem 'Zielspot' optimieren, etc.).

Match-Vektor Operationen können über 'Edit' -> 'Undo' () rückgängig gemacht werden.

Klicken Sie auf den Warp Button, um die Auswirkungen der neuen Vektoren zu sehen. Sie können Match-Vektoren iterativ hinzufügen, korrigieren oder löschen, bis Sie mit dem Ergebnis zufrieden sind.

Ergebnisse verifizieren

Da die gesamte Auswertung von der Qualität des Warpings abhängt, sollte diesem Schritt viel Aufmerksamkeit geschenkt werden. Für die Sicherung ausreichender Qualität empfehlen wir, folgende Punkte kritisch zu überprüfen:

• Im 'Warping Setup' sollten Sie nur Verbindungen mit grünen Icons zwischen den Gelbildern sehen.
• Für jedes direkt gewarpte Gelbildpaar (im 'Warping Setup' durch eine Linie mit einem Icon verbunden) öffnen Sie bitte die Dual View und sichern Sie für das gewarpte Dual Channel Bild vollständige Deckungsgleichheit der Spotmuster.

Auch wenn Sie den automatischen Warp Mode für alle Warpings verwendet haben, sollten Sie das Ergebnis korrigieren. Fahren Sie erst fort, wenn Sie mit dem Warping-Ergebnis zufrieden und keine Korrekturen mehr notwendig sind.

Die Beispieldaten enthalten auch fertige Match Maps. Zur Einschätzung, dass Sie alles richtig gemacht haben, können Sie diese auch für die jeweiligen Bildpaare importieren: Im Menü 'Matches' wählen Sie dazu 'Import'. Falls ein blaues Match Vektor-Ende auf einen orangen Spot zeigt und andersherum, haben die Vektoren die falsche Richtung. Wählen Sie in diesem Fall: 'Matches' -> 'Invert'